Pada tahun 1959 Camat Mojotengah dan penilik sekolah rakyat (SR ) berusaha untuk memajukan tingkat pendidikan yang ada di wilayah Kecamatan Mojotengah, maka didirikan SMP swasta yang diberi nama SMP Karya, SMP ini semula berniat untuk menampung siswa SR yang berada di wilayah Kecamatan Mojotengah .Pada awal berdirinya SMP Karya belum mempunyai gedung sendiri, sehingga menumpang di sekolah SR Kalibeber dan pelaksanaan  belajar mengajarnya di sore hari, tetapi usaha tersebut kurang mendapat perhatian dari masyarakat, terbukti siswanya kurang lebih  hanya 10 orang dan keberadaanya hanya  bertahan satu tahun.

        Berangkat dari ingin memajukan daerahnya dan menolong lulusan SR yang tidak mampu melanjutkan ke sekolah yang lebih tinggi yaitu SMP  yang berada di wonosobo, karena jauhnya perjalanan saat itu, sebab belum adanya angkutan umum dan kondisi ekonomi yang   belum berkembang  juga dilatarbelakangi oleh kondisi kehidupan masyarakat Kalibeber yang mayoritas santri , maka atas inisiatif KH.Muntoha Al – Khafidz , pada  tahun 1960 beliau meminta izin pada camat Mojotengah  untuk mendirikan sekolah pertama  kepada pemerintah, yakni Departemen Agama RI, usul tersebut disetujui dan berdirilah sekolah lanjutan pertama yang diberi nama Madrasah Tsanawiyah Maarif Kalibeber. Lembaga tersebut ternyata mendapat sambutan  yang baik dari masyarakat Kalibeber dan sekitarnya,hal ini terbukti dengan masuknya  siswa sebanyak 40 anak, Madrasah ini melaksanakan aktivitasnya sore hari dan menempati Madrasah Diniyah Maa’rif Kalibeber. Tenaga gurunya diambilkan dari guru SR, dimana pagi harinya mengajar di SR dan sore harinya mengajar di MTs Ma’arif.
Tahun 1963  berhasil meluluskan siswa pertamanya dan sebagian alummninya melanjutkan ke SP IAIN Yogyakarta, sebagian lagi ada yang menetap di Ponpes Kalibeber dan sebagian lagi ada yang ke UGA ( ujian guru agama ). Pada tahun yang sama kebetulan pemerintah  sedang mengadakan kursus guru agama sehingga sampai tahun 1966 banyak lulusan MTs Ma’ari kalibeber  yang mengikuti kursus tersebut tahun 1967 UGA ditiadakan sehingga untuk menampung lulusan dari MTs Ma’arif Kalibeber, para pendiri MTs Ma’arif Kalibeber sepakat  untuk mendirikan sekolah PGA.
       Pada awalnya Madrasah ini bernama  PGA (  Pendidkan guru agama )  pada tahun 1965 diubah menjadi Mualimin sehingga penagananya dialihkan yang semula ditangani yayasan kemudian ditangani lemabaga  Ma’arif NU. semula Mualimin berada dikomplek Al-Ayariyah tepatnya disebelah utara masjid selang beberapa waktu kemudian  Mualimin diubah menjadi Madrasah Aliyah swasta. Pada tahun 1966 pemerintah khususnya  Departemen Agama akan menegrikan beberapa sekolah yang dipandang perlu, mendengar pengumuman tersebut maka para pengurus membentuk panitia yang diketuai oleh KH. Muntaha Al –Khafidz dan langsung mengusulkan agar MA Swasta yang ada di Kalibeber dapat ikut dinegrikan.
Berdasarkan usulan para pengurus, alasan agar dapat dinegrikan diantaranya sebagai berikut 

1. Sarana dan prasarana dicukupi pemerintah
2. Siswa nantinya akan mendapatkan ijazah negeri dengan harapan dapat mengabdikan diri  kepada pemerintah lewat pegawai negeri ( pada waktu itu ).
3. Harapan masyarakat pada waktu itu bahwa pengetahuan agama di sekolah ( Madrasah ) sama dengan di ponndok pesantren.
   Harapan – harapan tersebut ternyata tidak dapat langsung terwujud, lembaga Ma’arif pusat melarang untuk menegrikan Madrasah Ma’arif disegala tingkatan.Setelah melalui proses yang begitu panjang ahirnya hal tersebut mendapat izin dan restu dari Bupati KDH II Wonosobo sehingga mulai saat itu MA Ma’arif Kalibeber resmi dinegrikan dan menjadi Madrasah Aliyah  Agama Islam Negeri (MAAIN ) dengan Sk nomor 55/66 tanggal 28 maret 1968 dan sekaligus dilantik nya KH.Muntaha Al – Khafidz  sebagai Kepala Madrasah   (yang pada waktu itu masih menjabat  sebagai Kepala Kantor Departemen Agama Kabupaten Wonosobo) MAAIN Kalibeber sampai dengan tahun1979 masih berlokasi di pondok pesantren Al – Asyariyah dan mulai akhir 1979 pindah lokasi di Jl, Dieng  KM.05 Krasak Mojotengah Wonosobo, dengan alasan sesuai dengan petunjuk Bupati Wonosobo bahwa seluruh SLTA yang berada di wilayah Kabupaten Wonosobo agar diusahakan berada di tepi jalan raya. Dengan alasan tersebut maka ketika mendapatkan proyek dari pemerintah melalui Departemen Agama dialokasikan ke Madrasah yang beralokasi di Desa Krasak.
   Adapun asal mula pendiri madrasah tersebut adalah
   1. KH. Muntaha Al – Khafidz              Ketua
   2. KH. Mustahal Asyar’I                     Ketua
   3. Bp. Abdul Azis                             Anggota
   4. Bp. Muhtadi Ch.                           Anggota
   5. Bp. Miftah Idris                            Anggota
   6. Bp. S. Zubaidi                             Anggota

Dari sejak dinegerikan madrasah ini sudah mengalami pergantian kepala yaitu :

1. KH. Muntaha Al – Khafidz                      ( 1968 – 1978 ).
2. Irbab Bulubab, BA                                 ( 1978 – 1988 ).
3. Drs.M. Zaenuri                                       ( April 1988 – Juli 1989 ).
4. M. Tohar, BA                                          ( 1989 – 1991 )
5. Drs. H.Amin Yusuf                                  ( 1991 – 1998 ).
6. Drs. Usman,AS                                       ( 1998 – 1999 )
7. Drs. H. Warsono                                     ( 1999 – 2000 )
8. Ach. Chozin Chams, BA                            ( 2000 – 2001 )
9. Ngarobi , BA                                           ( 2001 – 2002 )
10. Drs. Muhamad Fauzi                                ( 2002 – 2005 )
11. Tunut Irsyiyadi, S.Pd.I                           ( 2005 – 2007 )
12. Drs. Abdul Khaq                                       ( 2007 – 2014 )
13. Prihantoro Achmad, S.Pd,MPd.I.                 ( 2014 – Sekarang )